Kyselinu citronovou je potřeba skladovat na suchém a chladném místě, mimo dosah slunečního světla. Ideálně by měla být uložena v hermeticky uzavřené nádobě, aby se zabránilo vniknutí vlhkosti. Taktéž je důležité ji uchovávat mimo dosah dětí a domácích zvířat, jelikož může být pro ně škodlivá.