Peroxid vodíka sa všeobecne považuje za bezpečný na čistenie, ak sa používa správne. Má antibakteriálne vlastnosti a účinne odstraňuje plesne, baktérie a vírusy. Výhodou je, že nie je toxický ako mnohé bežne používané čistiace prostriedky.
Je však dôležité uistiť sa, že peroxid vodíka sa používa správne a bezpečne. Napríklad by sa mal vždy riediť vodou v koncentráciách nad 5 % (zvyčajne v pomere 1 : 1) a nikdy by sa nemal miešať s inými čistiacimi prostriedkami, najmä s chlórom, ktorý môže vytvárať nebezpečné plyny.
Treba tiež pamätať na to, že peroxid vodíka môže dráždiť oči a pokožku, preto by sa pri manipulácii s ním mali dodržiavať bezpečnostné pokyny, ako napríklad nosenie rukavíc a ochranných okuliarov.